Trường THCS – THPT Lê Quý Đôn được thành lập theo Quyết định số 1396/QĐ-UBBT ngày 17/6/2013 của Chủ tịch UBND tỉnh Bình Thuận. Trường đi vào hoạt động kể từ năm học 2013 – 2014.

Là trường dân lập, tuyển sinh từ lớp 6 đến lớp 12 với 3 loại hình học tập là học 02 buổi/ngày, học bán trú, học nội trú. Trường có 28 cán bộ, nhà giáo, người lao động (trong đó có 05 đoàn viên công đoàn). Theo nguyện vọng của Hội đồng quản  trị, Ban giám hiệu, đoàn viên công đoàn và cán bộ,  nhà giáo,  người  lao động trường THCS – THPT Lê Quý Đôn mong muốn được thành lập CĐCS.

Sau một thời gian chuẩn bị như hướng dẫn trường thành lập  Ban vận động thành lập CĐCS, chọn BCH CĐCS lâm thời; đồng thời Ban Thường vụ CĐGD tỉnh tuyên truyền Điều lệ Công đoàn Việt nam, Bộ Luật Lao động được sửa đổi, bổ sung  năm 2012, Luật Công đoàn được sửa đổi, bổ sung  năm 2012 cho cán bộ,  nhà giáo,  người  lao động trong trường.  Đến ngày 29/3/2014, Ban Thường vụ Công đoàn Giáo dục tỉnh đã tổ chức lễ kết nạp đoàn viên Công đoàn - kết nạp mới 18 cán bộ, nhà giáo, người lao động đứng vào hàng ngũ tổ chức Công đoàn Việt Nam – (căn cứ mục b, khoản 1, chương I, Điều lệ Công đoàn Việt Nam khóa XI, nhiệm kỳ 2013 – 2018); tổ chức lễ công bố Quyết định thành lập CĐCS và ra mắt BCH CĐCS lâm thời trường THCS - THPT Lê Quý Đôn.